夜雨聆风
2025年最好的10个结构式编辑器
化学结构式编辑器在化学、生物及材料领域至关重要，助力科研人员高效绘制各类分子结构。面对繁多的软件选择，找到最适合的工具尤为关键。本文精心挑选了今年15款结构式编辑器（见表1），综合考量其中10款主流编辑器的功能丰富度、用户友好度及价格等因素（见文末表2详细参数评级），供同行参考。
这些编辑器不仅涵盖从简单到复杂分子的绘制，还集成了IUPAC命名–结构转换、2D-3D转换等高级功能。笔者特别关注图像AI识别、药物研究方面的化学信息学计算、多肽核酸HELM绘图支持，及期刊发表方面的预设格式需求。通过详细对比，旨在帮助不同领域的科研工作者找到最贴合自身需求的得力助手。
表1. 主要功能比较表
表1注：《十五种结构式编辑器的主要功能等维度比较和评级》中，
n:代表无此功能；
★：代表有此功能，较弱；
★★：代表功能低于平均水平；
★★★：代表功能为平均水平；
★★★★：代表功能超出平均水平；
★★★★★：代表功能优秀、一流；
？：代表不明确；
CS：客户端架构；
BS：浏览器架构；
APP：手机与PAD的APP架构。
一、ChemDraw
简介：ChemDraw是老牌的珀金埃尔默/瑞孚迪（Perkin Elmer PE/Revvity）公司爆款软件，1985年推出，在化学、材料、药物界被广泛使用，目前被认为是结构编辑器的国际标准。
基础功能
显示和绘制有机化合物，如含有碳链和芳香环的有机物；
绘制茂环结构式；
结构式模板；
显示分子式、分子量、元素分析、cLogP、tPSA、pKa、质荷比、氢受体……
结构式美化；
结构式对齐；
生成Mol、SMILES、InChI、CDX、CDXML等结构格式文件；
薄层层析（TLC）；
对接SciFinder、Reaxys和ChemACX数据库工具。
中英文IUPAC命名
中文IUPAC命名：不支持。
英文IUPAC命名：支持；对甾体类结构命名不简洁；偶尔存在一些结构无法命名。
结构➡名称：支持。
名称➡结构：支持。
兼容Word/Excel/PPT/WPS
兼容Windows Office的Word、EXCEL、PowerPoint；
兼容金山办公WPS。但Ctrl-C/V只能得到png图片，只有使用鼠标右键进行“复制–粘贴为ChemDraw对象”，才能保持可编辑状态。
兼容期刊投稿
支持自定义设置键长、键宽、键角等参数，从而满足各种期刊等文献出版要求；具有高达20种预设标准期刊格式，绘制出的化学结构图可直接用于发表，如ACS Document 1996、Wiley Document、Nature Research Document等标准。
化学信息学计算
支持。提供Lipinski’rules of 5成药性等计算。
3D绘图
附图
核磁预测
有NMR图谱预测功能，且综合准确度较高。
附图
HELM
支持大分子编辑（HELM），可用于DNA、RNA、多肽的绘制；缺乏糖类聚合物绘制功能。
附图
生物绘图
生物方面，ChemDraw支持从动物到亚细胞和蛋白质卡通结构模型图绘制，如双层细胞膜的灵活绘制，功能较简单。
附图
图像识别
无
BS/CS架构
有BS网页版和CS客户端版。
费用
ChemDraw每人每年14200元人民币，3个起购，必须实名报备。
ChemOffice套装包含更多功能，如Chem3D、For EXCEL等，每人每年22800元人民币。
未来费用可能受关税等政策影响。
产品介绍官网：https://revvitysignals.com/products/research/chemdraw
二、InDraw
简介：InDraw是中国主流的“国产替代进口”结构式编辑器软件，能够对标ChemDraw几乎所有功能，也有其自身特色，由上海鹰谷信息科技有限公司自主研发。鹰谷在2014年即发布了第一代InDraw，是中国最早系统研发化学结构式编辑器的公司。华为、艾力斯等著名公司用的就是InDraw来代替ChemDraw。
基础功能
显示和绘制有机化合物，如含有碳链和芳香环的有机物；
绘制茂环结构式；
结构式模板；
结构式对齐；
结构式美化；
显示分子式、分子量、元素分析、cLogP、tPSA、pKa、质荷比、氢受体、等电点、自由能……
对接PubChem、Reaxys、ChemSpider、ChemicalBook等数据库工具；
薄层层析（TLC）；
对接含有300万种化合物的数据库，可中英文名/CAS/结构检索；
生成Mol、SMILES、InChI、CDX、CDXML等结构格式文件。
中英文IUPAC命名
中文IUPAC命名：支持。InDraw是全球第一家实现中文IUPAC命名功能，而其他主流软件均不支持。InDraw中文命名系统主要参考了《IUPAC 2013版》和科学出版社《有机化合物命名原则2017》一书，包含了中文命名的特色，更加标准。
英文IUPAC命名：支持。全球第四家实现英文IUPAC命名功能。参考权威的《IUPAC 1993版》、《IUPAC 2013版》，以及无机物1980版命名原则，在咖啡因等嘌呤类物质、胆固醇等甾体类四环化合物的命名和转换中，采用“半俗名”或“俗名（简称）”模式，效果较好，容易被主流软件识别。经1600万化合物结构数据测试，总准确率99.55%。
结构➡名称：支持。
名称➡结构：支持。
兼容Word/Excel/PPT/WPS
高度兼容Windows Office的Word、EXCEL、PowerPoint，以及金山办公的WPS；
可以用Ctrl C/V或鼠标右键复制粘贴等方式，在几种软件之间转移化学分子结构，并保持可编辑状态（双击可调出InDraw编辑窗口）。
兼容期刊投稿
支持自定义设置键长、键宽、键角等参数，从而满足各种期刊等文献出版要求；具有14种预设标准期刊格式，绘制出的化学结构图可直接用于发表，如ACS Document 1996、Wiley Document、Nature Research Document等标准。
化学信息学计算
有。提供Lipinski’s rule of 5成药性计算，cLogP、cLogS、tPSA、pKa、氢受体、 Genotoxic Probability、predicted Molar Refractivity、Druglikeness。
3D绘图
有。
附图
核磁预测
有NMR图谱预测功能。含氢谱（1H）、碳谱（13C）、以及COZY、HSQC二维谱。
附图
HELM
有。可用于DNA、RNA、多肽、糖类聚合物的绘制，以及“序列缩写–结构”之间的快速转换；
附图
生物绘图
有。支持从实验物品到动物、器官、细胞、亚细胞、核酸、抗体、蛋白质卡通结构模型图绘制。
附图
图像识别
有。
AI图像识别技术强，可把图片格式的化学结构式和反应式转换为可编辑形式。在UOB5740个测试集上，识别准确率达到99.75%。
BS/CS架构
有BS网页版和CS客户端版。BS可以版本跨平台，可在Windows、安卓平板电脑和手机、苹果电脑上使用。其BS版本已经整合在鹰谷电子实验记录本中。
费用
绝大部分功能免费使用，部分功能收费使用。收费功能点有：支持免登录离线使用（免费版需要每7天登录一次）；支持InDraw for Excel（实现打开和制作SDF文件、批量生成结构式图片、批量计算分子量/cLogP/tPSA等、批量英文名称转结构式、结构式搜索等功能）；利用API调用化学结构的图像识别；支持界面部分功能自定义；专属技术支持服务等。
产品介绍官网：https://www.integle.com/static/indraw
三、MarvinSketch
简介：匈牙利Chemaxon公司研发的一款知名结构式编辑器，功能强大。
基础功能
显示和绘制有机化合物，如含有碳链和芳香环的有机物；
绘制茂环结构式；
结构式模板；
结构式对齐；
结构式美化；
显示分子式、分子量、元素分析、cLogP、tPSA、pKa、质荷比、氢受体、等电点……
薄层层析（TLC）；
对接PubChem、Reaxys、谷歌专利数据库工具；
生成Mol、SMILES、InChI、CDX、CDXML等结构格式文件；
中英文IUPAC命名
中文IUPAC命名：不支持。
英文IUPAC命名：支持。
结构➡名称：支持。但与ChemDraw的存在一定的适配性欠佳，如咖啡因为代表的嘌呤类物质，有时其命名结果，无法被ChemDraw和ChemDoodle的“Name to Structure”功能所识别。
名称➡结构：支持。
MarvinSketch另有英文俗名命名系统，是其特色。
兼容Word/Excel/PPT/WPS
兼容Windows Office的Word、EXCEL、PowerPoint。
兼容期刊投稿
支持自定义设置键长、键宽、键角等参数，从而满足各种期刊等文献出版要求；具有11种预设标准期刊格式，绘制出的化学结构图可直接用于发表，如ACS Document 1996、Elsevier、European Journal of Organic Chemistry等标准。
化学信息学计算
有。具有cLogP、cLogD、溶解性、等电点、pKa、hERG等10余种计算和预测功能，是成药性计算的重要部分。
3D绘图
有。
附图
核磁预测
有NMR图谱预测功能。主要是氢谱（H）和碳谱（C）。分辨率较高。
附图
HELM
有。通过JChem For EXCEL的Biomolecule Toolkit模块，或MarvinJS（在线版）实现。
附图
生物绘图
无。
图像识别
无。
BS/CS架构
有BS网页版和CS客户端版。
费用
价格未知。
提供14天免费试用期。
MarvinJS在线演示版免费使用，不限时，但功能有限。
产品介绍官网：
https://chemaxon.com/marvin
四、ChemDoodle
简介：美国iChemLabs公司出品。基于JavaScript语言，客户端版本支持苹果Mac电脑使用；与主流软件的风格差异大。例如，默认以一个碳原子开始绘制，各类菜单和工具按钮布局欠合理、不符合大多数用户习惯。此外，文本、化学键、背景的颜色设置复杂，而无环内颜色填充功能，反应投料表也无法与反应式修改同步。
基础功能
显示和绘制有机化合物，如含有碳链和芳香环的有机物；
绘制茂环结构式；
结构式模板；
结构式对齐；
结构式美化；
显示分子式、分子量、元素分析、cLogP、tPSA、质荷比、氢受体……
薄层层析（TLC）；
对接PubChem、SciFinder、ChemSpider、谷歌专利数据库工具；
生成Mol、SMILES、CDX等结构格式文件。
中英文IUPAC命名
中文IUPAC命名：不支持。
英文IUPAC命名：支持。但某些种类化合物存在无法正确命名的情况，例如螺环、桥环等有机物、以及一部分的无机物。
结构➡名称：支持。
名称➡结构：支持。
兼容Word/Excel/PPT/WPS
兼容Windows Office的Word、EXCEL、PowerPoint。
兼容期刊投稿
支持自定义设置键长、键宽、键角等参数，从而满足各种期刊等文献出版要求；具有14种预设标准期刊格式，绘制出的化学结构图可直接用于发表，如ACS Document 1996、Wiley Document、Nature Research Document等标准。
化学信息学计算
有。如Lipinski’s rule of 5计算、但多种计算项分散进行，
3D绘图
有。
附图
核磁预测
有NMR图谱预测功能。ChemDoodle在一些分子的NMR预测中，精度较高，如二甲基二烯。
附图
HELM
无。
生物绘图
有。
附图
图像识别
有；准确度尚可。
BS/CS架构
有BS网页版和CS客户端版。
产品介绍官网：https://www.chemdoodle.com/
五、Ketcher
简介：Ketcher由EPAM/GGA Software公司出品，是免费且开源的软件，功能较为有限。
Ketcher 以JavaScript 语言开发，体积小，免安装，可以在其官网使用，也可以下载单机文件包，以浏览器打开，作本地网页形式使用。但因提供的文件包不是常规exe格式，以及缺少充分的说明，对一些用户的使用形成了门槛。
基础功能
显示和绘制有机化合物，如含有碳链和芳香环的有机物；
可绘制茂环结构式，但非常粗糙；
具有200个左右结构式模板；
理化计算方面，仅可显示分子式、分子量、元素分析；
可生成Mol、SDF、SMILES、InChI、CDX、CDXML等结构格式文件。
中英文IUPAC命名
中文IUPAC命名：不支持。
英文IUPAC命名：不支持。
兼容Word/Excel/PPT/WPS
不兼容Windows Office的Word、EXCEL、PowerPoint。
兼容期刊投稿
支持，但无预设格式，完全需要用户自己在设置（Settings）中对键长、键宽、键角等逐一设定；非常麻烦。
化学信息学计算
无。
3D绘图
无。其标注的“3D Viewer”功能实为“透视旋转”。
附图
核磁预测
无。
HELM
无。
生物绘图
无。
图像识别
有。非常初级，对于有机小分子的识别准确率较高；对于药物等含立体构象的分子则识别错误率高，且键长键角等均变得波动很大，整体实用性差。
BS/CS架构
只有BS网页版；但提供本地网页版，可以用浏览器打开而不必联网。
费用
Ketcher是免费且开源的软件，可进行商业合作。
产品介绍网址：
https://lifescience.opensource.epam.com/ketcher/index.html
六、JSDraw
简介：JSDraw是美国Scilligence公司自研的网页版结构式编辑器，能处理中等复杂程度的化学结构数据。
基础功能
显示和绘制有机化合物，如含有碳链和芳香环的有机物；
结构式模板；
显示分子式、分子量、元素分析；
TLC、电泳图；
生成Mol、SMILES、InChI等结构格式文件。
中英文IUPAC命名
中文IUPAC命名：不支持。
英文IUPAC命名：不支持。
兼容Word/Excel/PPT/WPS
不兼容。
兼容期刊投稿
不兼容。
化学信息学计算
无。
3D绘图
无。
核磁预测
无。
HELM
有。是HELM Web编辑器，支持开箱即用，用于从遗留系统或语法进行数据迁移，肽和寡核苷酸的HELM枚举，以及DEL（DNA编码库）和ADC（抗体药物偶联）的In- line HELM。
附图
生物绘图
无。
图像识别
有。但功能弱，准确率低，无实用价值。
BS/CS架构
只有BS网页版。
费用
无免费版本，价格未知。
产品链接：https://scilligence.com/
七、KingDraw
简介：由青岛清源精准农业科技有限公司研发，2018年开始发布手机版，早期版本界面和功能与2015年发布的InDraw基本一样；免费版复制粘贴到Word的结构式会有水印图，付费版可以去除水印。
KingDraw特色：APP版，能在手机上绘制结构式。可用手机快速记录随时看到的化学结构和反应式，以及伴随的分享操作、云端同步。
基础功能
显示和绘制有机化合物，如含有碳链和芳香环的有机物；
结构式模板；
结构式对齐；
结构式美化；
显示分子式、分子量、元素分析、质荷比；
自有化合物百科数据库；
生成Mol、SMILES、CDX结构格式文件。
中英文IUPAC命名
中文IUPAC命名：不支持。
英文IUPAC命名：部分支持
结构➡名称：PC端不支持，手机端APP支持。
名称➡结构：支持。
兼容Word/Excel/PPT/WPS
兼容Windows Office的Word、EXCEL、PowerPoint，以及金山的WPS；
个人版和专业版可以复制结构为图片，直接粘贴。
KingDraw专业版可以OLE对象形式复制粘贴结构，并允许继续编辑，但非会员可能带水印，如下图，影响正常使用。
兼容期刊投稿
支持自定义设置键长、键宽、键角等参数，从而满足各种期刊等文献出版要求；具有1种预设标准期刊格式（ACS Document 1996）。
化学信息学计算
无。
3D绘图
有。
附图
核磁预测
无。
HELM
无。
生物绘图
无。
图像识别
有。
BS/CS架构
有CS客户端版和APP版。暂无BS网页版。
费用
目前三个版本（个人版、教育版、专业版）均可免费使用。免费生成的图像会带水印。
产品介绍官网：https://www.kingdraw.com
八、JSME Molecule Editor
简介：JSME是一个用JavaScript编写的免费分子编辑器。它前身是JME Molecule Editor applet（JME小应用程序，要求浏览器上安装Java插件才能使用，该技术已经被抛弃）。和Ketcher类似，JSME支持在台式电脑上以及iPhone、iPad和Android智能手机和平板电脑等手持设备的浏览器上绘制和编辑分子和反应。具有常见化学结构编辑功能。JSME可以作为搜索分子数据库的查询输入工具，支持创建复杂的亚结构查询，已有数十个网站使用JSME。
基础功能
显示和绘制有机化合物，如含有碳链和芳香环的有机物；
结构式对齐；
结构式美化；
显示分子式、分子量、元素分析；
生成Mol、SMILES、InChI等结构格式文件。
中英文IUPAC命名
中文IUPAC命名：不支持。
英文IUPAC命名：支持。
结构➡名称：支持。但功能比较基础，与其他软件尤其是ChemDraw的适配性一般；JSME转化的IUPAC名中，有一定比例不能被其他软件识别。
名称➡结构：支持。
兼容Word/Excel/PPT/WPS
兼容Windows Office的Word、EXCEL、PowerPoint；但可能仅限图片格式的复制。
兼容期刊投稿
支持，但无预设格式，需要用户自行对键长、键宽、键角等逐一设定。
化学信息学计算
无。
3D绘图
无。
核磁预测
无。
HELM
无。
生物绘图
无。
图像识别
无。
BS/CS架构
只有BS网页版；但提供本地网页版，可以用浏览器打开而不必联网。
费用
开源且免费。
产品介绍网页：https://jsme-editor.github.io/
九、ISIS Draw（现在为BIOVIA Draw）
简介：ISISDraw有较多名称。最初是由MDL Information Systems, Inc.开发的；后来，MDL相继成为了Symyx和Accelrys公司的一部分；而Accelrys最终被Dassault Systèmes（法国达索）收购，达索将其科学和教育品牌命名为BIOVIA。所以Symyx Draw、AccelrysDraw、DS Biovia Draw，都指向ISIS Draw。
基础功能
显示和绘制有机化合物，如含有碳链和芳香环的有机物；
结构式模板；
结构式对齐；
结构式美化；
显示分子式、分子量、元素分析、cLogP、tPSA，质荷比、氢受体……
生成Mol、SMILES、InChI、CDX等结构格式文件。
中英文IUPAC命名
中文IUPAC命名：不支持。
英文IUPAC命名：支持。
结构➡名称：支持。但功能比较基础，与其他软件尤其是ChemDraw的适配性一般；ISIS Draw转化的IUPAC名中，有一定比例不能被其他软件识别。
名称➡结构：支持。
兼容Word/Excel/PPT/WPS
兼容Windows Office的Word、EXCEL、PowerPoint。
兼容期刊投稿
支持自定义设置键长、键宽、键角等参数，从而满足各种期刊等文献出版要求；具有4种预设标准期刊格式，绘制出的化学结构图可直接用于发表，即ACS Document 1996、Wiley Document、Nature Research Document、Elsevier标准。
化学信息学计算
有。
3D绘图
无。
核磁预测
无。
HELM
有，为达索BIOVIA新增功能。
支持大分子编辑（HELM），可用于DNA、RNA、多肽聚合物的绘制；
附图
生物绘图
无。
图像识别
无。
BS/CS架构
只有CS版。
费用
只有收费版，价格未知。且可能与BIOVIA实验系统打包出售。
产品介绍官网：
https://www.3ds.com/products/biovia/draw
十，Dotmatics – Chemical Sketcher Elemental Software
简介：Sketcher是Dotmatics公司旗下的化学结构编辑器软件，但介绍十分少。
基础功能
显示和绘制有机化合物，如含有碳链和芳香环的有机物；
显示分子式、元素分析、分子量、cLogP、tPSA……
具有少量结构式模板；
生成Mol、SMILES结构格式文件。
中英文IUPAC命名
中文IUPAC命名：不支持。
英文IUPAC命名：支持。
结构➡名称：支持。
名称➡结构：支持。
兼容Word/Excel/PPT/WPS
Dotmatics – Chemical Sketcher Elemental Software与Windows Office的兼容性尚不清楚，可能仅允许单向从Sketcher到Office传输图片这一基础功能。
兼容期刊投稿
支持自定义设置键长、键宽、键角等参数，从而满足各种期刊等文献出版要求；具有5种预设标准期刊格式，绘制出的化学结构图可直接用于发表，即ACS Document 1996、Wiley Document、Nature Research Document、Royal Society of Chemistry、Elsevier Document标准。
化学信息学计算
有。
3D绘图
无。
核磁预测
不明。
HELM
不明。
生物绘图
不明。
图像识别
无。
BS/CS架构
有BS网页版和CS客户端版。
费用
无免费版，价格未知。
产品介绍官网链接：https://www.environmental-expert.com/software/dotmatics-chemical-sketcher-elemental-software-325242
其他5种结构式编辑器速览:
十一、ChemSketch
加拿大ACD Labs公司出品。
价格模式为：个人免费，商用收费。独特之处：可绘制专利里常用的Markush structures（马库什结构）。
不足之处：免费版缺少技术支持；仅支持Windows操作系统。
产品介绍官网：
https://www.acdlabs.com/products/chemsketch/
https://www.acdlabs.com/resources/free-chemistry-software-apps/chemsketch-freeware/
十二、Molsketch
由Hvennekate开发。拥有ChemDraw一部分功能，开源，精炼，无须联网也无须注册即可使用。
Molsketch是一个用于绘制2D分子结构的分子绘图工具。除了允许用户以多种矢量和位图格式导出高质量图像外，它还可以读取和写入多种化学文件格式（使用Open Babel库）。Molsketch具有智能添加/移除氢原子的功能，以及一个内置库，提供快速访问常用分子和功能团。
特色：Molsketch拥有一般手机才有的夜晚（深色）模式。
不足之处：3D等高级功能不及商业软件。
软件链接：https://github.com/hvennekate/Molsketch
十三、MolView
MolView是一款基于浏览器的基础型化学结构编辑器。MolView使用了一些其他软件的JavaScript库和在线服务，如ChemDoodle和Ketcher。
不足之处：缺乏专业功能，如绘制聚合物、绘制实验素材、绘制生物学素材、错误提示等。
产品介绍官网链接：https://molview.org/
十四、ChemWriter
ChemWriter是一个基于HTML、CSS和JavaScript的化学结构式编辑器，可用于Web页面和移动设备上。由Metamolecular, LLC开发。相对于仅仅使用JavaScript开发的软件，ChemWriter对各种浏览器的支持更好，且一般无须安装插件。
官方网站：http://chemwriter.com/（已经无法打开）。
其他介绍网页：https://guides.library.stanford.edu/mobileapps/structuredrawing
十五、Mobile Molecular DataSheet（APP）
Mobile Molecular DataSheet由Molecular Materials Informatics, Inc.出品，可在苹果APP应用商店下载；仅20Mb。
它帮助用户以iPhone、iPod或iPad来观看和编辑化学结构；可通过 iTunes或Email来分享分子文件；还专门为触摸屏做了优化。
它具备模板库。文件格式为主流的MDL、MOL、SDF。
不足之处：无PC版；功能简单；色彩选项不易发现；只有英文版，没有中文版。
产品介绍官网：https://apps.apple.com/us/app/mobile-molecular-datasheet/id383661863
总结
综上所述，在结构式编辑器软件市场中，常见产品有10种，其中主流结构式编辑3种，分别是国外2款（ChemDraw、MarvinSketch），国内1款（InDraw）。
ChemDraw知名度高，功能点多，使用范围最广。价格昂贵，很多中小机构难以负担，国内一般使用盗版。ChemDraw目前正在广发律师函，打击盗版。ChemDraw缺少IUPAC中文命名功能，缺少关键的图像AI识别功能，不够现代化。
InDraw知名度高，功能全面，界面友好，全球首创中文IUPAC命名，具备高精度AI图像识别等功能，兼容Office Word等办公软件，已有大量文章使用InDraw绘制结构和反应，并在国际主流期刊成功发表。主要功能免费，部分功能收费，可整合在其鹰谷电子实验记录本中。
对于这10种主流的编辑器，笔者在下方表格中进行了超70点细节对比，供大家参考。
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表2. 十大编辑器细节比较表格
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表2注：《十大结构式编辑器的细节表现比较和评级（3页）》中，
n：代表无此功能；
★：代表有此功能，表现普通；
★★：代表功能超出平均水平；
★★★：代表功能优秀；
？：代表不明确；
CS：客户端架构；
BS：浏览器架构；
APP：手机与PAD APP架构。
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5、邢其毅版：一套完整有机化学教学课件，涵盖有机化学全部课程(PPT/784页)
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