云平台小工具——基于登录号批量下载基因组文件

这是大多数科研人第一次接触 NCBI 的方式，流程直观但效率极低。

操作步骤：

在 NCBI Nucleotide 数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide?cmd=Retrieve）输入登录号（如 CP000838.1）。

进入详情页，点击 Send to，选择所需的数据格式，点击下载。

适用场景：仅需下载 1-2 条序列的临时需求。

如果我们要下载的是成百上千个基因组，使用前面的下载方式是低效的。这时候我们可以使用Entrez网站（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez）下载，Entrez可以根据上传文件中的id下载多个基因组。首先选择对应的数据库，然后上传需要下载的序列id的文件，最后点击Retrieve,会先看到id匹配的情况，可以点击进入搜索到的结果进行下载，下载后所有序列会被保存在同一个文件夹中。

适用场景：需批量下载基因组序列，默认下载的是所有序列合并的一个大文件，若需按登录号拆分，仍需本地二次处理。

关于Batch Entrez的具体使用步骤可以参考我们之前发布的文章《Batch Entrez — 批量从NCBI上下载基因序列》。