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高 GC 含量模板 PCR 电泳结果异常如何分析

高 GC 含量模板 PCR 电泳结果异常如何分析

别人做 PCR 一扩就出漂亮条带,我的模板 GC 一高,电泳图立刻开始整活。

GC 碱基之间有 3 个氢键,比 AT 的 2 个更稳。双链不容易打开,引物贴不上,酶走到这也容易掉链子。普通 PCR 像平路开车,这简直是在雾天跑山路。

没条带的话,先查引物和变性条件,加 DMSO 或甜菜碱试试。条带弱就做个退火温度和助剂浓度梯度,顺便把模板稀释一下。要是出现多条杂带,别光顾着降退火温度,助剂加多了也会降低特异性。

整条泳道拖尾发糊,重点看是不是模板降解或者上样量太大。要是产物全卡在加样孔附近,千万别直接当成阳性——那可能是大分子残留或者产物聚集。这时候得减少上样量重新跑,必要时切胶测序确认。

优化时一次只改一个变量,别把体系搞成盲盒。条带大小对上了也不代表一定扩对了,关键实验还是得靠测序兜底。

原文高 GC 含量模板 PCR 的电泳结果异常,如何分析?
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浙江,3小时前,

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