夜雨聆风
应用SRA Toolkit工具下载SRA格式序列文件和转化文件格式
SRA Toolkit(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra)是一款跨操作系统平台的(MS Windows/Linux/Mac)，用于下载、处理和转化SRA格式文件的工具，包括fasta、fastq、sff和Illumina native等数据格式。本文重点演示在Linux系统和Windows系统下使用SRA Toolkit工具的fastq-dump插件实现SRA-fastq格式转换，部分重复内容请参考应用sra-tools/SRA Toolkit下载NCBI序列数据。
一、下载SRA序列文件
下载SRA序列文件的多种方法请参考应用sra-tools/SRA Toolkit下载NCBI序列数据。本文提供适配Windows系统的程序版本安装包sratoolkit.3.1.1-win64.zip和6个SRA格式序列示例文件及其转换文件，访问百度网盘获取。
srafa
百度网盘链接: https://pan.baidu.com/s/1JICPD_EQ6ulZLp7detLPdg
提取码: be6j
二、SRA-fastq格式转换
(1) 基于Linux系统
请参考应用sra-tools/SRA Toolkit下载NCBI序列数据执行SRA Toolkit安装，或按下述方法执行安装。
# apt工具安装SRA Toolkit，提示“Configuring med-config”直接回车继续安装即可sudo apt install sra-toolkit
# 查看fastq-dump插件版本信息，安装成功fastq-dump -V# 查看fastq-dump插件帮助文档fastq-dump --help
# 进入工作路径cd /mnt/d/meta/biodata/# 查看文件ls# 测试fastq-dump插件，./指定当前路径fastq-dump --stdout ./SRR28167453.sra | head -n 8
# 处理单个SRA格式文件SRR28167453.sra，--split-3是指拆分1个SRA格式大文件为3个fastq格式小文件。仅输出1个fastq格式文件代表其是单端测序数据；输出2个fastq格式文件(*_1.fastq/*_2.fastq)代表其是高质量的双端测序数据；输出3个fastq格式文件代表其是包含低质量或过短序列的双端测序数据且低质量或过短序列被单独储存在1个较小文件中fastq-dump --split-3 ./SRR28167453.sra# 处理所有SRA格式文件fastq-dump --split-3 ./*.sra
(2) 基于Windows系统
① 下载程序安装包
访问SRA Toolkit的Github主页(https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit#ncbi-sra-toolkit)，下载适配Windows系统的程序版本安装包sratoolkit.3.1.1-win64.zip；
② 解压缩安装包
解压缩安装包到C盘用户文件夹下(以桌面文件夹作示例C:\Users\liulanzhou\Desktop\sratoolkit\sratoolkit.3.1.1-win64)，解压缩到其他盘则参考03快速配置方法(https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/03.-Quick-Toolkit-Configuration)配置SRA Toolkit程序环境；
③ 启动命令提示符
选择快捷键Win＋R弹出“运行”对话框，在“打开(O)”输入框输入“cmd”，选择“确定”启动命令提示符；
④ 准备SRA格式测试文件
在sratoolkit.3.1.1-win64\bin文件夹下创建sratest文件夹，放入6个SRA格式测试文件即可，其是基于Linux系统演示部分数据；
⑤ 进入工作文件夹和测试程序
# 进入bin工作文件夹cd C:\Users\liulanzhou\Desktop\sratoolkit\sratoolkit.3.1.1-win64\bin# 测试SRA Toolkit程序是否正常工作，下图所示代表正常fastq-dump --stdout -X 2 sratest\SRR28167453.sra
⑥ 应用fastq-dump插件处理SRA格式序列文件
# 查看fastq-dump插件帮助文档，了解使用方法fastq-dump -h# 处理单个SRA格式序列文件，以SRR28167453.sra为例# fastq-dump插件应用语法系fastq-dump [ options ]fastq-dump --split-3 sratest\SRR28167453.sra# 批量处理多个SRA格式序列文件，注意输出文件默认保存在当前所在的工作路径binfor %f in (sratest\*.sra) do (echo Processing file: %ffastq-dump --split-3 %f)
