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PyMol插件自动可视化蛋白与配体(小分子药物)相互作用位点

当前时间： 2026-05-03 00:36:44 更新时间： 2026-05-03 分类：软件教程评论(0)

PyMol插件自动可视化蛋白与配体(小分子药物)相互作用位点

传统蛋白、配体（药物）可视化需要反复切换软件、手工标注界面残基、调整视角参数。现在，使用插件后，仅需导入PDB对接文件，将自动构建互作位点与对接图，用动态色彩编码结合能，并以分子探针高亮氢键网络与疏水口袋。

（1）演示PDB数据库中已经对接好的蛋白与配体（药物）PDB文件。后续出对接自己的蛋白与配体文章。

https://www.rcsb.org/structure/6A04

（2）用pymol打开下载好的PDB文件

（3）在pymol中安装插件

（4）选择文件夹

（5）选择cpi的python脚本文件

（6）输入：cpi 6a04

（7）自动计算蛋白与小分子作用的氨基酸位点

（8）放大、旋转至合适视角

（9）拖动结合位点至合适视角

（10）导出结果

（11）清除标签

（12）清除位点

（13）展示3D

（14）结果及导出

（15）将导出的结果放入ppt

这里仅供操作参考，具体图形美化可根据需要自行调整，比如字体大小、旋转方向等等。

—百度网盘17KB大小，插件链接👇—

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