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特别2期:Image J软件下的电镜图片伪彩上色

特别2期:Image J软件下的电镜图片伪彩上色

1. 温故而知新
Image J软件一款由NIH开发的一个基于java环境的免费图像处理软件,并于2021年被Nature评为十大影响科学代码之一。我们将以此软件为工具,探究电镜图片伪彩上色的实操方法。
下载官网:https://imagej.net/ij/index.html

图片源自Image J官网

特别注意!注意!注意!部分期刊杂志要求电镜图片必须原始参数,不可上伪彩,一定要注意参考杂志要求!!!

2. 眼见为实
(1)打开Image J主界面

(2) 软件内加载打开目标电镜图片
File→Open→选择目标文件夹内图片(若图片格式不兼容软件,可预先使用格式工厂对图片格式转化为其他)

(3)圈选目标上色区域
a. 右键单击圆形工具→点击Selection Brush Tool,圆形工具变为哑铃型

双击哑铃型工具,对工具宽度进行数值较大的设置

b. 对目标区域进行初步描边

双击哑铃型工具,对工具宽度进行数值适中大小的设置

对前面初步的描边精细修剪,类似橡皮擦操作(图片小可使用放大镜设置,鼠标左键为放大,右键缩小)

c. 点击Analyze→Tools→ROI Manger,出现ROI Manger设置框
点击Add,将刚刚精修后的目标区域加载进入ROI Manger选项,其自动命名为2156-2352,使用Rename选项重命名为1→勾选show All,Labels
d. 对其他目标区域进行类似圈选,选择自由描线按钮

对其他目标区域进行圈选,并精修→点击ROI Manger选项Add按钮,将刚刚精修后的目标区域加载进入ROI Manger选项,使用Rename选项重命名为2

(4)对目标上色处理

a. 选中ROI Manger选项中的1号区域→Edit→Clear→1号区域图片信息则被清除

b. 双击彩笔工具,出现颜色选择框→选中1号区域需要上色的颜色
单击油漆桶工具→在打开的图片内点击1号目标区域,即完成1号区域的上色
c. 同理,完成2号区域的上色
d. ROI Manger选项内同时选中1和2号区域→点击more→点击OR(Combine),实现1和2号区域的同时绑定联动
Edit→Clear outside,将图片内除1和2号区域的其余背景全部清除 

双击彩笔工具,出现颜色选择框,选择黑色→点击油漆桶工具将背景颜色涂为黑色

(5)区域上色后与原图片重叠处理
File→Open→选择原始图片再次打开
Process→点击Image Calculator→在Image Calculator选项内Image1选择加颜色后的图片名称,Image2选择原始图片名称,Operation选择Add→点击OK,既可生成伪彩上色后的图片

(6)伪彩图片保存
File→Save As→tiff或保存其他格式均可


Image J软件的其他电镜图片应用——计数、测长度、面积、灰度值方法
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      武汉珞创生物科技有限公司是一家专注于电镜检测及相关服务的高新技术企业,致力于尖端电镜检测技术的研发、改良、完善及推广,现已拥有一支完整的高素质研发团队,其中包括武汉大学病理学与病理生理学专业博士2名,硕士1名,其余成员均具有本科及以上学历,年均样本处理量可达4万例,拥有极为丰富的电镜检测服务经验。我们的口号是“还原细胞真实态,做超微,我们是认真的”。