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PyMol插件自动可视化氢键、π–π 堆积、阳离子–π、盐桥

当前时间： 2026-05-04 08:38:21 更新时间： 2026-05-04 分类：软件教程 评论(0)

PyMol插件自动可视化氢键、π–π 堆积、阳离子–π、盐桥

插件介绍

今天给大家再分享一个pymol插件！这个插件也是一个用Python编写的PyMOL脚本，专门用于分析两个蛋白链（或多个链）之间的相互作用界面，并自动识别四类关键非共价相互作用：

  • 氢键（Hydrogen Bond）

  • π–π 堆积（Pi-Pi Stacking）

  • 阳离子–π 作用（Cation–Pi）

  • 盐桥（Salt Bridge）

第一步：准备PyMOL、PDB文件、插件文件

（1）安装PyMOL，如果你不知道怎么安装，跳转文章教程：

PyMol安装！官方免费安装使用！别找广告链接！更别花钱！！！

（2）插入脚本文件，如果你不知道怎么插入脚本，跳转文章教程：

蛋白与配体（小分子药物）相互作用——PyMol插件自动可视化

蛋白与蛋白相互作用——PyMol插件自动可视化
（3）准备一个包含两个（或更多）蛋白链的 PDB 文件，如果你不知道怎么获取，跳转文章教程：（上面的是AlphaFold预测的，下面是PDB数据库中下载的）：
蛋白与蛋白相互作用——AlphaFold预测步骤
蛋白与配体（小分子药物）相互作用——PyMol插件自动可视化

第二步：PDB 文件必须加氢hydrogen added！因为氢键判断需要氢原子

（1）用pymol打开PDB文件；
（2）如果没有氢，可以用 PyMOL 自带功能加氢：
# 在 PyMOL 中打开 pdb 后执行h_addsave your_file_with_H.pdb
  • h_add：自动为所有合适的位置添加氢原子（基于当前 pH 和残基类型）
  • save xxx.pdb：把当前状态（包括新加的氢）保存到新文件，your_file_with_H
    就是文件名称

（3）继续在命令行输入：

run show_protein_protein_interaction.py

这一步是为了运行插件脚本，把脚本中的函数（如 HBond, Pi_Pi_interaction 等）加载到 PyMOL 的 Python 环境中。

（4）现在关闭pymol，将加氢后的PDB文件（第（2）步所得），以及本文插件放在一个文件夹里。

第三步：开始分析

（1）打开终端；macOS/Linux 用 Terminal，Windows 用 PowerShell
macOS：打开 Terminal（终端）方法 ：
  1. 按下键盘快捷键：Command (⌘) + 空格键
  2. 在弹出的搜索框中输入：Terminal
  3. 按回车，Terminal 就打开了 

Windows：打开 Terminal（终端）方法 ：

  1. 按下：Win + R（Windows 徽标键 + R 键）
  2. 输入：powershell
  3. 按回车
（2）进入脚本和 PDB 所在的文件夹

cd /your/path/to/files

比如都放D盘，分子对接文件夹了，就输入：cd D:\分子对接

（3）运行命令（以分析链 A 和链 B，界面 5Å 为例），PDB 文件名如 myprotein_with_H.pdb：

pymol -qc show_protein_protein_interaction.py -- myprotein_with_H.pdb A B 5

运行后会发生什么？

  • PyMOL 在后台静默运行
    • 识别链 A 和链 B
    • 找出距离 ≤5Å 的界面残基（inter_1, inter_2）
    • 计算四类相互作用
    • 保存结果为 myprotein_with_H_interaction.pse

（4）查看结果，回到终端运行：

pymol myprotein_with_H_interaction.pse

PyMOL 图形界面打开，会看到：

  • 蛋白结构
  • 界面残基高亮
  • 各种相互作用用彩色虚线标出

最终输出两条链之间的氢键、π–π 堆积、阳离子–π、盐桥，都是在“界面 ≤5Å 的残基对”范围内

第四步：分析 “多链 VS 多链”

（1）比如 cpx_60_h.pdb 的 H+L 链和 A+B 链，5Å 界面

（2）打开终端；macOS/Linux 用 Terminal，Windows 用 PowerShell

（3）进入脚本和 PDB 所在的文件夹
（2）（3）两步和上面一样

（4）运行命令：

pymol -qc show_protein_protein_interaction.py -- cpx_60_h.pdb H+L A+B 5

cpx_60_h是pdb文件名；H、L、A、B 是你的 PDB 文件里自带的 “链标识”

在pymol中，Show as Cartoon，然后在命令行输入：

show chainlabels  # 显示每个链的ID标签

此时蛋白结构上会直接显示 A、B、H、L 等链 ID，对应到每个链的位置。

（5）查看结果：在终端输入

pymol 6m0j_h_interaction.pse

最终输出四条链之间的氢键、π–π 堆积、阳离子–π、盐桥，都是在“界面 ≤5Å 的残基对”范围内

—百度网盘9KB大小，插件链接👇—

该插件通过网盘分享：show_protein_protein_interaction.py。

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