小鼠肾小球一键分割|QuPath 插件安装 + 使用全流程

很多同学做小鼠肾脏病理定量，卡在同一个问题上：肾小球要一个个手画圈，几张切片几个小时就没了。

上次的ImageJ插件在3月份的时候就在全图肾小球识别方向做了部分适配，用户反馈也蛮不错。同时随着Murine-KidneySegment-Glomerulus-4.1的鼠源肾小球模型更新完成（MKST-3.9的鼠源肾小管模型也在为上线做参数预压缩准备），因此此次更新的QuPath 肾组织分割插件也把肾小球的全片识别的功能加进来了，与前几次的版本更新差不多，结果可以直接导出测量数据（新增了XML格式）。

一、准备工作

开始前只需要三样东西：

·能上网的电脑（Windows / Mac 都行）

·QuPath 0.6.x （免费开源的病理切片软件）跟切片

·插件组件（QK 组件）：一个不到1M 

的 jar 文件，文末有下载方式

二、安装 QuPath

1.打开官网https://qupath.github.io/，下载对应系统的安装包：

Mac 选 .pkg（M 系列芯片选 arm64），Windows 选 .msi

2.正常安装，双击打开一次确认能进主界面

三、安装插件（QK 组件）

1.下载插件文件qupath-extension-kidney-3.5.56.jar（把地址复制到浏览器打开即可下载：https://renal-sam.com.cn/qupath-extension-kidney-3.5.56.jar）

2.把 jar 文件直接拖进 QuPath 窗口，弹窗问是否安装，选「Yes」

(有些版本可以直接安装，如果能直接安装的就跳过3）

3.重启 QuPath，菜单栏 Extensions 里能看到「肾组织分割」就装好了

备用办法：菜单Extensions → Install extension→ 选中 jar。

四、注册登录（防止跟之前的ImageJ一样被同一个用户占用大量系统资源）

4.Extensions → 肾组织分割，打开面板

5.点顶部「登录 / 注册」，填邮箱、用户名、密码

6.邮箱收验证码填进去，点「验证并登录」

7.面板显示：用户名· 普通用户

五、开始识别

第一步：勾选要识别的内容。肾小球独立勾选，勾得越少出结果越快。

识别一块区域：

8.用左侧画笔 / 矩形 / 多边形工具在切片上画一个或多个区域

9.点「选择区域」→ 按钮变「选择完成，开始识别」→ 再点一次

10.等进度条走完，轮廓直接画回切片，点结果列表能跳转看每一处

识别整张切片：

11.什么区域都不用画，直接点「识别全切片」

12.系统自动找组织、分块、逐块识别、再把轮廓拼起来

13.整片按一次任务计算，中途可暂停可取消

六、常见问题

·提示"插件版本太旧"：联系管理员拿新 jar，替换后重启 QuPath

·收不到验证码：先看垃圾邮件文件夹

·卸载：Extensions → Installed extensions 里找到 jar 删除重启

写在最后

插件的完整图文版说明也放在了网站上，浏览器打开

https://renal-sam.com.cn/guide.html 可查看教程。

致谢：本插件基于开源病理分析平台 QuPath（qupath.github.io）开发，感谢 QuPath 团队的开源工作。

使用中遇到任何问题：

·邮箱：segmentation2025@163.com

·微信公众号：分割算法小助手：（就是本号，直接留言）

·QQ 群：967464948