轨道 | Proksee各功能/插件/嵌入式分析工具相关概念 原理 实操 结果解读与应用

Proksee 往期推文：

GC Skew 及 Contigs顺序 | Proksee各功能/插件/嵌入式分析工具相关概念 原理 实操 结果解读与应用

GC Skew 补充问题 | Proksee各功能/插件/嵌入式分析工具相关概念 原理 实操 结果解读与应用

正反链基因/蛋白信息、序列 | Proksee各功能/插件/嵌入式分析工具相关概念 原理 实操 结果解读与应用

百度云网盘 “测试数据_Proksee.rar” 下载链接:

https://pan.baidu.com/s/18DqYaBeXwYhf_dzk89vs4A 提取码: ysx4

Proksee 是一个用于细菌基因组组装、注释和可视化的专业系统，具有交互式、环形或线性基因组图谱功能。使用 Proksee，需提供完整的基因组序列、测序读段 (Reads) 或 CGView/Proksee 图谱的JSON文件。

Proksee 上的工具分两类：1. 客户端工具 (如 GC Skew)，直接在浏览器中运行，结果即时添加到图谱；2. 服务器工具 (如 Prokka、BLAST Linux软件)，在服务器上执行作业，完成后 可查看 并添加结果至图谱。

图. Proksee工作流程。基因组和读序 (组装后)，使用 CGViewBuilder 脚本，转换为” map JSON”格式，进而使用 CGView.js 转换为图形化Map。

Proksee 整合了一些专注于特定遗传特征注释的工具，例如：

• CARD/RGI 系统 – 鉴定抗生素耐药决定因子；

• IslandViewer – 注释基因组岛；

• PHASTER – 注释前噬菌体；

• CRISPR/Cas Finder – 注释CRISPR。

下载面板 (Download Panel：”Data“→”Download“)：

轨道(Tracks)列表

创建一个文字列表，指示：所见的轨道的环 (Track Rings – 环形)，或轨道的线(Track lanes – 直线)。分隔符可选：换行、分号，逗号。点击“OK”后，列表可作为标题添加到图谱上，也可复制到剪贴板。当添加到图谱时，随着轨道的添加、编辑或删除，标题会自动更新。

注意，上图共 2 个轨道 (Tracks)，每 1 个轨道代表 1 种工具或功能的注释，可包含多个环 (Rings)。例如 “Features” 轨道包含 2 个环 (正/反义链特征)。在轨道列表的文字(逐环)说明中，可将同一轨道 (Track) 上相邻的多个环/道(Rings/Lanes) 合并 为一条描述线，例如 Rings 1-6: ORFs (-3,-2,-1,+1,+2,+3)。右侧也有删除轨道的按钮”Delete Track”。

若删除 轨道列表的说明：

轨道列表的说明从哪里开始标记：外部/顶部 – Outside/Top；内部/底部 – Inside/Bottom；骨架 – Backbone。如下图：

关于此工具的直播讲解，欢迎报名易生信《单菌基因组数据分析》课程：

2026-5-15 | 单菌基因组组装、注释、遗传表征、分子分型、系统进化和传播溯源

(补充) 若基因组注释 注重代谢相关的基因，可通过另一个 (在线) 工具 MicroScope：一个通过基因组、泛基因组和代谢比较分析 (Metabolic comparative analysis) 来注释、探索微生物基因功能的综合平台 (NAR. 2020)，网址：www.genoscope.cns.fr/agc/microscope。

MicroScope 由法国国家测序中心 (Genoscope) 的 LABGeM 生物信息学团队开发，可进行 Pathway Tools 代谢分析，PkGDB 也与这些代谢途径数据库 (Metabolic pathway databases – MicroCyc) 关联。LABGeM 也会定期组织一些关于 MicroScope 平台如何使用的专业培训课程。有关一般信息和即将举办的课程 可访问 LABGeM 的网站：https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/about/protrainings.php。

上图下方，有 Proksee 基于 SRA 公共测序数据库的组装结果示例，Contigs 可能仅按大小排序，未 (按照与高质量参考基因组的比对) 排序，复制起始位点不可信(下图中“转录”应更正为“复制”)：