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博士生孙新圆关于文档级生物医学关系抽取的研究被 EAAI 期刊录用

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再创佳绩
    近日,实验室博士孙新圆关于文档级生物医学关系抽取的研究成果被人工智能领域国际知名期刊《Engineering Applications of Artificial Intelligence》接收。该期刊专注于人工智能在工程领域的应用研究,是中科院分区TOP期刊,最新影响因子8,被CCF列为C类推荐期刊。本工作提出了一种带有动态记忆机制的多阶段推理框架,通过异构图推理、动态记忆架构以及十字交叉注意力机制,有效解决了复杂文档中长距离实体交互与数据噪声的问题,显著提升了关系抽取的综合推理能力。
题目:Multi-Stage Reasoning Framework for Biomedical Document-Level Relation Extraction with Dynamic Memory Mechanism
摘要:Document-level Biomedical Relation Extraction identifies and classifies the diverse types of interactions that occur between biomedical entities across specialized literature. Graph-based techniques have significantly advanced the field of relation extraction. However, most existing methods focus on optimizing a single reasoning capability, lacking enhancement in holistic reasoning capabilities; moreover, previous approaches fail to address the noise issues present in training data, particularly within large-scale distantly supervised data. To overcome these limitations, we propose the Multi-Stage Reasoning Framework with Dynamic Memory Mechanism, which integrates contextual and structural representations to enhance relation extraction capabilities for Document-level Biomedical Relation Extraction. Our approach introduces three key innovations: 1) a heterogeneous graph reasoning component that models fine-grained interactions of cross-sentence entities through a co-reference resolution module; 2) a dynamic memory-augmented architecture with trainable memory slots for preserving longrange entity interactions; 3) an iterative interactive reasoning module enabling axis entity pairs interaction via criss-cross attention. Extensive experiments on three public datasets demonstrate the effectiveness of our proposed model. Further experimental results demonstrate that our model significantly outperforms mainstream large language models on Document-level Biomedical Relation Extraction tasks.
Our code is available athttps://github.com/SXY09/MSRDM

译文文档级生物医学关系抽取旨在识别和分类专业文献中生物医学实体之间发生的多样化交互关系。基于图的技术极大地推动了关系抽取领域的发展。然而,现有的大多数方法侧重于优化单一的推理能力,缺乏对整体推理能力的提升;此外,以前的方法未能解决训练数据中存在的噪声问题,特别是在大规模远程监督数据中。为了克服这些局限性,我们提出了一种带有动态记忆机制的多阶段推理框架,该框架整合了上下文和结构表示,以增强文档级生物医学关系抽取的能力。我们的方法引入了三个关键创新:1异构图推理组件,通过共指解析模块对跨句实体的细粒度交互进行建模;2)动态记忆增强架构,具有可训练的记忆槽,用于保存长距离实体交互;3)迭代交互推理模块,通过十字交叉注意力实现轴心实体对的交互。在三个公开数据集上的广泛实验证明了我们提出的模型的有效性。进一步的实验结果表明,我们的模型在文档级生物医学关系抽取任务上显著优于主流的大型语言模型。

代码链接:https://github.com/SXY09/MSRDM

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